"Siempre soltando al viento las amarras, encabritando el entusiasmo del poncho negro y la guitarra"

El año 2001 comienza a hacerse notoria la crisis interna que vive el conjunto por diferencias respecto a la orientación del conjunto. Esto motiva el alejamiento de Guillermo García, quien tras esto inicia su trabajo solista. En su reemplazo, el conjunto incluye la presencia esporádica del tenor Mario Contreras y más tarde, la de Álvaro Pinto. El conjunto en esos momentos no realiza actividad de interés.

Hacia fines de año 2002 la crisis del conjunto se agudiza y como resultado de ella renuncian a seguir en el conjunto Hugo Lagos y Hernán Gómez, integrantes fundamentales de Quilapayún con más de 30 años de permanencia. Critican la gestión de Parada en particular el registro de la marca comercial Quilapayún en 1998 según ellos, hecho de manera inconsulta.

El año 2003 Rodolfo Parada reorganiza una formación para actuar en el Palau de la Musica Catalana de Barcelona, para lo cual integra de emergencia al Marcelo Velis y Cristián Goza del conjunto Ortiga. Con esta nueva formación, realizan presentaciones en Madrid, México y Palestina. Durante el mes de agosto, el sello PICAP edita un CD doble, que reúne los mejores momentos de la presentación del grupo liderado por Rodolfo Parada en el Palau. También se anuncia la edición en DVD de este recital. En Chile, ese CD será editado con baja repercusión en noviembre del mismo año, bajo sello EMI.

Al mismo tiempo los integrantes más antiguos o” históricos”: Carlos Quezada, Guillermo García, Hernán Gómez, Hugo Lagos, junto a Rubén Escudero, Ricardo Venegas e Ismael Oddó (hijo de Willy Oddó) bajo la dirección de Eduardo Carrasco, refundan el Quilapayún e inician acciones legales contra la marca registrada por Rodolfo Parada con una demanda ante el Tribunal de Grande Instance de París, requiriendo la anulación de dicha marca y contra la solicitud presentada en Chile por Parada el año 2002 para registrar la marca.

El mes de septiembre se produce el reencuentro en el escenario del Quilapayún de Eduardo Carrasco con varias presentaciones comenzando con su participación en el Homenaje a Allende en el Estadio Nacional de Chile, y posteriormente con conciertos ofrecidos en Talcahuano, Teatro Teletón de Santiago y la Quinta Región. A estos conciertos, les siguieron presentaciones en Inglaterra, Francia y posteriormente, en noviembre, en el multitudinario festival "Todas las Voces, todas" en Ecuador.

Es así que habrá dos conjuntos en paralelo actuando bajo el mismo nombre. El dirigido por Parada radicado en Francia y el llamado por ese entonces «histórico», con integrantes en Francia y Chile dirigido por Carrasco. Ambos grupos programan presentaciones y existirá la controvertida coexistencia de los dos conjuntos

Por su parte, la facción gala reduce notablemente sus presentaciones hacia finales de año, presentándose en el Zócalo de Ciudad de México junto a Intillimani en un homenaje a Allende, y en octubre en Madrid, compartiendo escenario con Ana Belén.

En 2004 ambas agrupaciones se mantienen activas. Mientras Parada y su facción realizan presentaciones ocasionales en algunos puntos de España, el Quilapayún con sus integrantes históricos se sigue presentando en Chile y en Francia de manera más asidua. La actividad en Europa será coordinada por Hernán Gómez.

En abril de 2004 se conoce el Fallo del Departamento de Propiedad Intelectual de Chile, el cual rechaza la solicitud de registro depositada el 2002 por Rodolfo Parada, dando con ello la razón a los querellantes (Carrasco, Escudero,García, Gómez, Lagos, Quezada ,Venegas, y sucesión Oddó.

Es agosto y los Quilapayún, luego de actuar en Francia, viajan Quito, donde presentan la Cantata Santa María de Iquique. Posteriormente se unen a los Inti-Illimani Históricos (Salinas, Durán, Seves y Ball, también en litigio por el uso de la marca con la formación liderada por Jorge Coulón) con quienes realizan presentaciones en Valparaíso, Buenos Aires y tres intensas jornadas en Santiago de Chile en un espectáculo denominado "INTI+QUILA".

En agosto también publican el DVD y el CD doble “El Reencuentro”, que rescata las presentaciones que hiciera el conjunto en el Teatro Teletón en septiembre de 2003. El DVD también incluye un documental con entrevistas y registros del reencuentro de los integrantes históricos.

El 10 y 12 de septiembre de 2004, después de 25 años se presentan nuevamente en la celebre Fête de l’Humanité. También en septiembre fallece el destacado compositor Luis Advis, enlutando nuevamente al Conjunto y a toda la música popular chilena.

El año 2005 comienza con una nueva presentación de la fórmula Inti+Quila en el Estadio Víctor Jara de Santiago, bajo el título de El Canto de Todos, presentación que es seguida de actuaciones en el Norte y Sur del país.

El jueves 2 de junio se emite el fallo del Tribunal de Grande Instance de Paris que anula el registro comercial de la marca "Quilapayún" efectuado por Rodolfo Parada en 1998. Inmediatamente se emiten comunicados de Rodolfo Parada y Patricio Wang desde París, como de los Quilapayún “históricos” desde Chile, interpretando dicho fallo.

En julio es editado el CD La Vida contra la Muerte, que reúne los temas del disco inédito en Chile "Donner a l'automne un coup…", más un conjunto de temas no difundidos del conjunto.

Un evento importante corresponde a la celebración de los 40 años del conjunto. Esta celebración, como es obvio se realiza sobre el escenario, con una intensa agenda que los trae de vuelta a Santiago donde realizan dos aplaudidas presentaciones en el Teatro Providencia. Más tarde, junto a los Intis Históricos, se presentan en Perú, Ecuador, Holanda, Italia y Francia, donde actúan con llenos totales en el Teatro Le Trianon de París, Saint-Yorre, Mont-de-Marsan y Limoges.

Por su parte la facción de Rodolfo Parada, debilitada por las deserciones internas realiza escasas presentaciones en localidades de Francia por los 40 años , pero en realidad su actividad escénica es prácticamente inexistente.

A finales de año es editado el CD y DVD “Música en la Memoria”, que reúne los mejores momentos de los conciertos realizados a mediados de 2004 por Quilapayún e Inti-Illimani histórico.

El año 2006 comienza con presentaciones de Quilapayún en conjunto con la compañía del Teatro Aleph, montando la obra musical "Neruda, la poesía no habrá cantado en vano". Dado el éxito de esta obra, se programan nuevas presentaciones para mediados de año.

Este año también Quilapayún edita un CD compilatorio “La Fuerza de la Historia” que rescata temas inéditos o de escasa difusión, como la Cantata Vivir como El, El Banderón, Ramona y Quiaqueñita.

Durante el año 2007, centenario de la matanza de la escuela Santa María de Iquique, los “históricos” realizarán cerca de 20 presentaciones, en Chile, España, Canadá y Francia. Todo comienza en julio con una presentación en Domalain para luego llegar en Agosto a Chile y presentar la Cantata Santa María de Iquique junto a selectas orquestas juveniles de la zona sur del país. Estos conciertos tuvieron lugar en La Pintana, Concepción, Temuco, Talca, Viña del Mar y Santiago abarrotando el Teatro Caupolicán.

Paralelamente a estas presentaciones, Quilapayún edita un nuevo trabajo en estudio; "Siempre", disco que reúne 14 nuevos temas, entre los cuales se destacan “A California me voy”, “Quita Hurpillay”, “Palabras de Amor” y “Cueca larga de la Nueva Canción Chilena”, una de las últimas composiciones de Luis Advis antes de fallecer.

En octubre realizan varias presentaciones en Francia y luego retornan a Chile, esta vez para recorrer la zona norte, pasando por Valparaíso, Copiapó, Iquique y un show especial en la comuna de San Joaquín en Santiago, ante más de 5000 personas.

Francia condecora a Eduardo Carrasco, nombrándolo Caballero de la Orden de Artes y Letras, en una emotiva ceremonia en la embajada de Francia en Santiago. Finalmente, en noviembre, vuelven después de 20 años a Canadá y se presentan en Montreal, Kitchener y Toronto.

El 5 de diciembre, la Quatrième Chambre de la Cour d'Appel de Paris prohíbe a la agrupación de Parada, de seguir actuando bajo el nombre de Quilapayún, con lo que se cierra la disputa que durante los últimos años había enturbiado la actividad artística del conjunto en Francia.

El año 2008, en lo musical, resulta uno de los más agitados de la última década, con cerca de 30 presentaciones en varios países. Todo comienza con una que los llevó a recorrer 10 escenarios franceses entre Enero y Febrero junto a Daniel Mesguich. En este último mes vuelven a visitar Suecia. Más tarde visitaran Barcelona, pero será el retorno a México lo que marcara el punto más alto. Durante Julio también participarán del Festival Internacional de Palestina y viajarán a Nicaragua para participar en un acto multitudinario de celebración de la revolución sandinista.

El año 2009 comienza con presentaciones en Chile y España y un emotivo reencuentro con Mendoza. Además, se edita un nuevo Disco de estudio, titulado "Solistas" y se presenta con gran éxito la gira "Homenaje a Víctor Jara", el cual se edita uno de esos conciertos en CD+DVD en el año 2012 y hace ingresos durante esa misma gira el músico Fernando Carrasco.

En diciembre de este mismo año, la Cour de Cassation de Paris rechaza el recurso presentado por Rodolfo Parada y confirma la decisión de la Chambre d’Appel que en 2007 otorgara el uso de la marca al grupo histórico.

En Chile el enfrentamiento jurídico continúa de manera reglamentaria en INAPI.

El conjunto dirigido por Carrasco realiza varias actuaciones, haciendo giras por Chile, Argentina, Colombia, Ecuador, México, Francia, España, Finlandia, Italia y Alemania. Cabe destacar la visita a San Juan de Pasto (Colombia), de la cual nace la inspiración para la canción "Lluvia de Pasto", un aporte en la composición de Fernando Carrasco (para el disco "Solistas" musicalizó una canción de cuna de Eduardo Carrasco) al conjunto y las giras a México, en donde el grupo realiza varias funciones y participa en especiales de Radio y Tv, emitiéndose algunos conciertos.

La relación del conjunto con sus seguidores se ve amplificada de una manera extraordinaria con la incorporación de las redes sociales como canal de comunicación. Incluso se realizan algunos conciertos emitidos en directo por internet, con interacción incluida vía chat con la audiencia, desde Chile hacia el resto del mundo.

En el año 2013, en Santiago se realizan los conciertos "Quilapayún en Grande", con los 11 integrantes actuales del grupo cantando juntos por primera vez. A finales de año se edita un nuevo disco de estudio "Encuentros", el cual cuenta con la participación de varios artistas jóvenes de la canción; artistas como Álvaro Henríquez, Manuel García, Camila Moreno, Chancho en Piedra, Anita Tijoux, Carlos Cabezas y otros, acercando al grupo a nuevas generaciones.

A inicios de 2014 una sorpresa inesperada fue anunciada por el Facebook del grupo: se encuentra una copia del master original de la Cantata Santa María (en su versión original de 1970). Una exbailarina del ballet Pucará, Maritza Las Heras, reencontró una cinta olvidada dentro de un baúl al comenzar una mudanza. Se contactó con Eduardo Carrasco y le entregó el registro. Dicha cinta fue reparada y digitalizada por Juan Pablo Carvajal (colaborador audiovisual del grupo desde 2009 y responsable web desde 2010), remasterizada por Jorge Fortune (sonidista del conjunto desde el 2012) y editada en CD (posteriormente reeditada en vinilo), originando una gira con la Cantata, con relatos a cargo del relator original Héctor Duvauchelle (extraídos de la copia rescatada).

En 2015 después de un dilatado proceso obtienen el registro de la marca Quilapayun en INAPI de Chile y en 2021 en Europa ante el Tribunal General de la Comunidad Europea.

En 2025 se cumplen los 60 años de la creación del Quilapayún. En celebración de dicho aniversario realiza una veintena de conciertos en Chile con la Cantata Santa María.